戊戌維新期間，自主創(chuàng)辦期刊成為那些被邊緣化的知識分子參與國家政治與社會實踐的重要途徑，科學(xué)話語是他們輿論宣傳的重要內(nèi)容。與傳教士報人不同，維新報人缺乏系統(tǒng)的科學(xué)教育與科研訓(xùn)練，對近代科學(xué)的認(rèn)知也參差不齊，整體科學(xué)素養(yǎng)較差。但這種先天性不足，并未妨礙少數(shù)精英對科學(xué)分類問題的主觀努力，并提出了自己的思想主張。
早年留學(xué)英國的嚴(yán)復(fù)，有緣見證了近代歐洲工業(yè)革命的盛況與科學(xué)事業(yè)的繁榮。1895 年 3 月，嚴(yán)復(fù)在《直報》上發(fā)表文章《原強》，把傳統(tǒng)文化與西方科學(xué)對接，進行話語轉(zhuǎn)換，“格致學(xué)”稱力學(xué)，“質(zhì)學(xué)”叫化學(xué)，“名學(xué)”改名邏輯學(xué)，并認(rèn)為數(shù)、理、化、名諸學(xué)是以研究自然現(xiàn)象解釋自然規(guī)律為目的的自然科學(xué)，但對社會人事無能為力，故還須研究天學(xué)、地學(xué)與人學(xué)，才能探究天地人事之理。“名數(shù)力炙( 質(zhì)) 四者已治矣，然其心之用，猶審于寡而熒于紛，察于近而迷于遠也，故非為 天 地 人 三 學(xué)，則 無 以 盡 事 理 之 悠 久 博 大 于 蕃 變也。”97－98而三者之中，人學(xué)尤為急切，是“群學(xué)入德之門”。人學(xué)分為生學(xué)與心學(xué)兩類，生學(xué)即“論人類長養(yǎng)孳乳之大法”的生理學(xué)，而心學(xué)是“言斯民感應(yīng)之密機”的心理學(xué)。人的體質(zhì)與精神健康，才能形神相資與力德兼?zhèn)洹?yán)復(fù)認(rèn)識到自然科學(xué)與人文科學(xué)的功效與局限性，以及人類物力與德性的同等重要性，既提倡科學(xué)以“開民智”，又鼓吹“新民德”。
1897 年 8 月，《湘學(xué)新報》刊文，明確地將西方科學(xué)分為算法、幾何學(xué)、熱學(xué)、重學(xué)、電學(xué)、化學(xué)、天文學(xué)、地理學(xué)、聲學(xué)、光學(xué)、汽學(xué)、水學(xué)、動物學(xué)、植物學(xué)、全體學(xué)( 生理學(xué)) 、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)、測候?qū)W、礦物學(xué)等學(xué)科門類，而且指出各個學(xué)科之間關(guān)系密切，相互滲透。一方面學(xué)貴相通，科學(xué)研究切勿孤陋寡聞，需要廣泛交流方可有所長進與明辨正誤; 另一方面，學(xué)貴專深，方可致用。“皆一理之貫注，各有相關(guān)，徒知一學(xué)，無以得要旨。泛覽各學(xué)，無以造精深。貴交通以明其理，專一以見諸用，循序漸進，乃有實獲。”各學(xué)科門類在整個科學(xué)分類體系中所處的地位不同，以數(shù)學(xué)為“格致之階梯”，以天文地理為“格致之大原”，而農(nóng)、工、商則是“格致之功用”，“而其綱領(lǐng)旨趣，則不出熱、電、重三學(xué)而已。其從入之途，要確有先后次第焉，未可躐等也。”故學(xué)習(xí)與研究科學(xué)要先后有別，循序漸進。江標(biāo)曾談及學(xué)問的分類，“分學(xué)凡六: 曰史，曰掌故，曰輿地，曰算，曰商，曰交涉”。《實學(xué)報》則將科學(xué)劃分為天學(xué)、地學(xué)、人學(xué)與物學(xué)四大門類，其中天學(xué)研究“通法律歷要義，以及中西算理，一切權(quán)衡度量之隸屬”; 地學(xué)探究“山川形勢，邊防險要，以及萬國圖志、五洲礦產(chǎn)之隸屬”; 人學(xué)研究“圣賢教術(shù)、朝野掌故、中外制度、約章因革異同，以及禮樂兵刑工商之隸屬”; 而物學(xué)則研究“格致體用，動物形性，以及光化聲汽重力之隸屬”。
晚清期刊的宗旨上也能反映對科學(xué)分類的理性思考。《渝報》主張: 科學(xué)“無論中西，取其切于實用，如天文、地輿、兵法、醫(yī)學(xué)、算學(xué)、礦學(xué)、格化、光聲重汽電各種學(xué)”。《蜀學(xué)報》章程中標(biāo)明“中外政學(xué)，分為官、士、農(nóng)、工、商五門，取有關(guān)實用，可以考證得失，不分中外，隨文多寡列入”。《譯書公會報》也聲明: “凡有關(guān)政治、學(xué)校、律例、天文、輿地、光化電氣諸學(xué)、礦物、商務(wù)、農(nóng)學(xué)、軍制者，次第譯成，以饜海內(nèi)同志先睹為快之意。”
晚清自主創(chuàng)辦的及時份科普期刊《格致新報》認(rèn)為科學(xué)主要有兩種分類法。一種是將科學(xué)劃分為性理學(xué)、治術(shù)學(xué)、象數(shù)學(xué)、形性學(xué)與紀(jì)事學(xué)等五個門類。其中性理學(xué)即“探道之大原，辨理之真?zhèn)握咭病保兰纯陀^真理，既包括自然法則的天道，也包括世俗人倫的人道，相當(dāng)于哲學(xué)與倫理學(xué)。治術(shù)學(xué)旨在“論公法律例，條約稅則者也”，類似于法學(xué)、外交學(xué)與財政學(xué)。象數(shù)學(xué)在于“究恒星天文，測量制造者也”，即天文學(xué)、測繪學(xué)及制造學(xué)。而形性學(xué)又分為物性之學(xué)、物理之學(xué)、化學(xué)與醫(yī)學(xué)四類，其中物性之學(xué)就是今天的物理學(xué)。而所謂的物理之學(xué)與化學(xué)須區(qū)別對待。物理之學(xué)中，研究金木水火土的物理之學(xué)屬于物理學(xué)范疇，但研究飛禽走獸的物理之學(xué)屬于動物學(xué)。化學(xué)中，研究原子分子、凝固溶解等物理現(xiàn)象的屬于物理學(xué)，而研究物質(zhì)化合分離的化學(xué)反應(yīng)就屬于化學(xué)。紀(jì)事學(xué)的內(nèi)容則包羅甚廣，涉及歷史學(xué)、地理學(xué)、人口學(xué)、民俗學(xué)、教育學(xué)等多個學(xué)科層面。另一種是三分法，主張將科學(xué)分為“初啟時之學(xué)問”的試驗學(xué)、“大備時之學(xué)問”的性理學(xué)與“集成時之學(xué)問”的實物學(xué)三類，并主張算學(xué)包括分?jǐn)?shù)學(xué)、代數(shù)學(xué)、形學(xué)( 幾何學(xué)) 等，形性學(xué)即“推究萬物變動之理”的物理學(xué)，化學(xué)則在于“推究各物獨具之性”。此外，還指出有些學(xué)科邊界模糊，“與其有別立門戶，而與他學(xué)摻雜者”，類似交叉學(xué)科。
此外，維新報人還涉及一些專門學(xué)科的科學(xué)分類。有的將傳統(tǒng)的格物學(xué)劃分為物理學(xué)、化學(xué)、生理學(xué)三類。動物學(xué)分類上，將動物界劃分為無脊類( 無脊椎動物) 與脊類( 脊椎動物) 兩類。其中無脊類包括圈體類、柔體類、光芒類等;脊類又分為胎生族、鳥族、蛇族、寒血族、水陸并居族、魚族等門類。并對化學(xué)與物理學(xué)加以區(qū)分，從事物理學(xué)研究的“格致家試驗?zāi)茏兤湓危荒芤灼湓|(zhì)”，而“化學(xué)家之試驗則不然，變本質(zhì)，成新質(zhì)，幾使之莫辨其本來”。研究路數(shù)上，“格物之家，就一質(zhì)以格一質(zhì)，質(zhì)之外別無它質(zhì); 化學(xué)之家，合數(shù)質(zhì)以成一質(zhì)，質(zhì)之外更有異質(zhì)”。維新報人大多推崇數(shù)學(xué)，但也有人有不同的理性思考。董祖壽就認(rèn)為崇算之風(fēng)實為“西儒之唾遺，華人之讏言”，精科學(xué)者未必通數(shù)學(xué)，通數(shù)學(xué)者也未必能精科學(xué)。科學(xué)專在實驗操作，稍通文理即可。盡管中國數(shù)學(xué)家輩出，卻罕有能格物制器以利民生的，因此他轉(zhuǎn)而主張中國“欲圖自強，在興格致; 欲興格致，先興化學(xué)”。
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